การรักษาคุณภาพเมล็ดกาแฟที่ผ่านการคั่วเสร็จพร้อมนำมาบดและนำไปชงเป็นกาแฟ เป็นเรื่องที่มีจำเป็นอย่างมาก เพราะกาแฟจะอออกมารสดีหรือไม่อยู่ที่เรื่องนี้ และในการเก็บรักษาเราจะต้องมีความใส่ใจและพิถีพิถันเป็นพิเศษ เพราะเมล็ดกาแฟที่คั่วแล้วเป็นอะไรที่เสื่อมคุณภาพค่อนข้างเร็ว เมล็ดกาแฟจะมีคุณภาพดีที่สุดเฉพาะในช่วง 3-15 วันหลังการคั่วเท่านั้น เนื่องจากโดยปกติเมล็ดกาแฟที่ผ่านการคั่วแล้วจะเริ่มคายก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ออกมาเป็นจำนวนมากในช่วง 1-3 วัน แรกหลังการคั่วเสร็จ

แล้วจะลดปริมาณการคายก๊าซลงเรื่อยๆ หลังจากนั้น พร้อมกับการเสื่อมคุณภาพของเมล็ดกาแฟ และมันจะมีอายุการเก็บรักษาอยู่ได้เพียง 1-3 เดือน เท่านั้น (ขึ้นอยู่กับวิธีการเก็บรักษาด้วย) ซึ่งหากเราต้องการรักษาคุณภาพของเมล็ดกาแฟให้คงคุณภาพอยู่ได้นานขึ้น เราจะต้องเลือกวิธีการเก็บรักษาให้เหมาะสม ซึ่งหนึ่งในวิธีการที่ดีที่สุดในการเก็บรักษาคุณภาพของเมล็ดกาแฟก็คือ การบรรจุมันเอาไว้ภายใน ถุงซีลสูญญากาศ

ทั้งนี้เนื่องจากสิ่งที่เป็นปัจจัยสำคัญที่จะทำให้เมล็ดกาแฟเสื่อมคุณภาพ ก็คือ ออกซิเจน ซึ่งมีอยู่ทั่วไปในอากาศ ซึ่งมันจะไปทำปฏิกิริยากับน้ำมันของเมล็ดกาแฟ ที่มันจะออกมาพร้อมกับการคายก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ ซึ่งเมื่อมันปฏิกิริยากันจะทำให้เกิดการออกซิเดชั่น ซึ่งส่งผลทำให้เมล็ดกาแฟมีกลิ่นและรสที่ผิดเพี้ยนไป รวมถึงเรื่องความชื้น ซึ่งมีอยู่ในอากาศทั่วไปด้วย ดังนั้นการที่เราเก็บเมล็ดกาแฟที่คั่วแล้วด้วย เครื่องซีลสูญญากาศ หลังจากผ่านการคั่วไม่เกิน 3 วัน จึงเป็นวิธีการที่สามารถช่วยรักษาคุณภาพของเมล็ดกาแฟคั่วได้ดีที่สุด เนื่องจากมันสามารถป้องกันเมล็ดกาแฟจากปัจจัยที่ทำให้เกิดการเสื่อมคุณภาพได้อย่างเด็ดขาด ทำให้มันคงคุณภาพความสด กลิ่นหอมและรสชาติให้คงอยู่ได้นานยิ่งขึ้น

การใช้ เครื่องแพ็คสูญญากาศ ในการเก็บเมล็ดกาแฟ จะช่วยให้เราสามารถรักษาคุณภาพของเมล็ดกาแฟเอาไว้ได้นานขึ้น อย่างไรก็ตาม หากว่าผ่านการบดแล้ว ควรใช้ให้หมดภายใน 1 วัน ดังนั้นเวลาเก็บควรแบ่งให้มีปริมาณพอเหมาะสำหรับใช้งานแต่ละวันต่อถุงเท่านั้น เพื่อให้ส่วนที่ยังไม่ได้ใช้ไม่ต้องโดนอากาศอีกสามารถเก็บเอาไว้ได้นานยิ่งขึ้น